\begin{thebibliography}
の前後に
\addcontentsline{toc}{section}{参考文献}
でいける。
2番目の中括弧の中はsectionとかchapterとか、文書全体の構成に合わせて選択する。

LaTeXで目次に「参考文献」が表示されない. - Qiita

LaTeXで文章を作成するとき, ujbook などを利用していると目次に「参考文献」が表示されないことに気づきました. (http://qiita.com/0x60df/items/dea185af9a3832430...

Qiita

 

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